Johanna Schwabe wurde am 11. Dezember 1806 in eine wohlhabende jüdische Familie in der Hamburger Neustadt geboren. Der Vater gehörte 1817 zu den Gründern des liberalen „Neuen Israelitischen Tempel-Vereins“, einer Reformbewegung mit dem Ziel, jüdische Tradition und modernes Leben in Einklang zu bringen.

Johanna erhielt Unterricht durch einen Privatlehrer und den angesehenen Prediger der Reformgemeinde Eduard Kley. Am Ende ihrer Schulzeit hatte sie mehrere Sprachen erlernt und verfügte über eine breite religiöse und kulturelle Bildung. Sie engagierte sich zeitlebens für eine Emanzipation der Juden und gegen einen opportunistischen Religionswechsel zum Christentum.